La configuración organizacional es presidida por el Consejo Superior y el Consejo Directivo. El primero es el máximo órgano de Gobierno de la Universidad, custodio del patrimonio y la estrategia de la Institución, y el encargado de preservar los principios y la filosofía de los fundadores de la Institución.
El Consejo Directivo, por su parte, se configura como un subconjunto del Consejo Superior y es el órgano de dirección y administración de la Universidad del que también participan los estamentos profesoral y estudiantil.
De la estructura también hace parte el Consejo Académico que vela por el cumplimiento e implementación del proyecto educativo.
La configuración de EAFIT está estructurada en tres capacidades:
Capacidades de conocimiento: a través de las cinco escuelas (Administración; Ciencias Aplicadas e Ingeniería; Finanzas, Economía y Gobierno; Artes y Humanidades; y Derecho); con sus respectivos centros.
Capacidades de soporte académico y articulación: sistema de aprendizaje; y sistema de ciencia, tecnología e innovación (dos vicerrectorías); y soporte corporativo (Secretaría General y 5 direcciones).
Capacidades de conexión con tres ecosistemas: empresas consolidadas, sistemas públicos y emprendimientos de impacto.